Die Gründungsurkunde von Neumünster stammt aus dem Jahr 1346 und ist vom Kloster Oberschönenfeld ausgestellt. Das Dorf wurde als Angerdorf durch planmäßige Rodung angelegt. Die erste und wichtigste Gütererwerbung im Gebiet des späteren Neumünster erfolgte 1262, als Graf Ludwig von Öttingen dem Kloster einige erst kurz vorher vom Benediktinerstift zu Ellwangen eingetauschte Güter zu Münster, dem späteren Altenmünster, überließ.

Laut Dorfbrief vom 15.6.1346 hat Äbtissin Agnes bestimmt, dass das neue Dorf Nivemunstrer heißen soll. Dann wurden vom Kloster 12 Lehen verteilt. Das Dorf bestand aus 12 Häusern mit je einem Ganzlehen von 51 Jauchert (1 Jauchert = 0,5ha) und einem Haus ohne Lehen, das dem Kloster gehörte.

Die Hofgrundstücke bildeten mit den Gärten eine Einheit und waren mit diesen 1 Jauchert groß. Durch spätere Teilungen wurden es mehr Hofstätten, aber die Lehen wurden immer kleiner. Wann die Erweiterung des Ortsgrundrisses begonnen hat ist ungewiss. Alles in allem wuchs die Zahl der Feuerstätten von 13 im Jahr 1346 über 19 im Jahr 1492 auf 38 im Jahr 1576.

Schwer geschädigt wurde das Dorf im Dreißigjährigen Krieg. In dem 1646 angefertigten und ausführlichen Güterbeschrieb werden 22 von den 42 Häusern als zerstört angegeben. Die Filialkirche von Neumünster wurde um 1800 gebaut und ist St. Joachim gewidmet.

Der Ort Neumünster gehörte seit seiner Gründung der Pfarrei Altenmünster an und blieb dort bis zur Säkularisation. Die danach entstandene Gemeinde kam zur neugegründeten Pfarrei Violau. Während wiederum ein Teil der Ortschaft Violau zur politischen Gemeinde Neumünster gehörte. Der andere Teil von Violau lag auf dem Gemeindegebiet von Unterschönberg. Neben der Landwirtschaft siedelten sich verschiedene Handwerks- und Gewerbebetrieb an.

Neumünster wurde zum 01.05.1978 in die Gemeinde Altenmünster eingegliedert.